S. war einer der bedeutendsten Oberlausitzer Vertreter der sächsischen Gelehrtenfamilie Stöckhardt und wurde zum Begründer ihres Putzkauer Zweiges.

Der Enkel eines während der Religionswirren aus den niederländischen Provinzen vertriebenen Dresdner Kaufmanns besuchte ab 1665 die Kreuzschule Dresden. Im Anschluss absolvierte er - wie auch sein Bruder Gottlieb (Begründer des ''Lauterbacher Zweiges'') - die [http://de.wikipedia.org/wiki/Gymnasium_St._Augustin Fürstenschule Grimma]. An der Universität Leipzig schrieb er 1678 seine Magisterarbeit bei Georg Schultze zur Redekunst der Frauen, die seiner Meinung nach sowohl liebreizend und das Gemüt des Ehemanns erheiternd, aber auch zänkisch und ränkesüchtig sein könne. Schon wenig später leitete er selbst die Prüfungskommission Philologie zur Magisterarbeit von Johann Michael Reinhold aus Freiberg. Seine Studien schloss S. 1680 mit einer theologischen Arbeit über die "göttliche Barmherzigkeit" des [http://de.wikipedia.org/wiki/Georg_Möbius Prof. Georg Möbius] ab.

Am 27. September 1683 wurde S. Substitut und 1685 in der Nachfolge seines Schwiegervaters Jakob Hentschel Pfarrer in Putzkau. Das Dorf war seinerzeit dem Freiherrn von Friesen verpflichtet. Als dessen Ehefrau Maria Margaretha 1689 verstarb, hielt S. eine viel beachtete Leichenpredigt. Zusammen mit Kirchvater Abraham Hübner leitete er von 1701 bis 1707 die Rekonstruktion der Putzkauer Kirche. Für den steinernen Kirchturm holte er 1701 selbst als einer von 22 Fuhrleuten Werkstücke im Steinbruch Porschdorf.

An S. erinnerte außen an der Südseite der Kirche das Epithaphium: VIXIT, VICIT, VIVIT (Jesus hat gelebt, gesiegt und lebt). Sein Sohn Johann Jacob wurde ebenfalls Pfarrer in Putzkau. Viele seiner Nachfahren erwarben sich große Verdienste um die Oberlausitz, Sachsen und weit darüber hinaus:

* Gottfried Gerhard Stöckhardt (1721-1788): Enkel; Absolvent der Fürstenschule Grimma, Magister in Wittenberg, Hauslehrer bei den [http://de.wikipedia.org/wiki/Schönburg_(Adelsgeschlecht) Schönburgs] in Glauchau, Diakon in Glauchau und Pfarrer in Gesau
* Johann August Stöckhardt (1738-1806): Enkel; ab 1773 Informator beim [http://de.wikipedia.org/wiki/Friedrich_Franz_I._(Mecklenburg) Prinzen Friedrich Franz]
* [[M. Gerhard Heinrich Jacobjan Stöckhardt]]: Urenkel; Pfarrer, Philologe und Meister vom Stuhl in Bautzen, Mitglied der OLGdW
* [[Robert Stöckhardt]]: Ururenkel; Professor für Römisches Recht in St. Petersburg, Mitglied der OLGdW, Vater der Malerin [http://de.wikipedia.org/wiki/Clara_Henriette_Marie_Stöckhardt Clara Stöckhardt], des Architekten [http://de.wikipedia.org/wiki/Friedrich_Heinrich_Stöckhardt Heinrich Stöckhardt] und des Komponisten [http://de.wikipedia.org/wiki/Julius_Reinhold_Stöckhardt Reinhold Stöckhardt]
* [[Stöckhardt |Ernst Theodor Stöckhardt]]: Ururenkel; Agrarwissenschaftler in Chemnitz und Jena, Meister vom Stuhl in Bautzen, Mitglied der OLGdW.

Artikel zu Johann Heinrich Stöckhardt von Frank & Uwe Fiedler im Biographischen Lexikon der Oberlausitz, 2011